Некий научный Акселератор

Спин-офф аниме «Научный Рейлгун» фокусируется на персонаже по имени Акселератор, одном из семи эсперов пятого уровня в Академии-Сити. Сюжет начинается с того, что Акселератор восстанавливается после потери значительной части своих способностей, которая произошла во время событий, связанных с его вмешательством в судьбу девочки по имени Последний Заказ. Его попытке вернуться к обычной жизни мешает новое происшествие: ему приходится заняться спасением незнакомой девушки, которая была замечена с фотографией юного клона Мисаки.

Ситуация осложняется, когда выясняется, что за похищением девушки по имени Эстель Розенталь стоит организация «Дисциплинарное Наказание». Эта группа рассматривает эсперов как угрозу, которую необходимо устранить. Для достижения своей цели члены организации используют нестандартное оружие - останки умерших магов, помещённые в управляемые механизированные костюмы. По мере того как «Дисциплинарное Наказание» приступает к реализации своих планов, противодействовать им вынужден Акселератор, несмотря на его нежелание принимать на себя роль защитника.