Вперёд, Анпанман! Давайте победим корабль с привидениями!!

Алхимия представлена как научная дисциплина с установленными правилами и ограничениями. Основные законы запрещают нарушать природный баланс, создавая нечто из меньшего количества материала, а также строго воспрещают попытки создания человека. Братья Эдвард и Альфонс Элрики, оставшиеся без родителей, решают нарушить этот запрет, чтобы воскресить свою мать.

Попытка проведения запрещенного оборачивания жизни приводит к тяжелым последствиям: Эдвард теряет конечности, а Альфонс - свое физическое тело, его сознание оказывается запечатанным в доспехах. Стремясь исправить свою ошибку, Эдвард становится государственным алхимиком. Эта должность предоставляет ему доступ к ресурсам и знаниям, необходимым для поиска способа вернуть тела себе и брату.