Гинтама: Сказание о Бэнидзакуре

События разворачиваются за двадцать лет до начала оригинальной игры. Главный герой слышит в своем сознании неизвестный голос, призывающий о помощи. После этого его окружает яркая вспышка света, и он перемещается в другой мир. Этот мир разделен между двумя государствами, которые ведут продолжительную войну. Причиной конфликта являются редкие источники энергии, необходимые для выживания обеих сторон.

Лидеры враждующих стран предпринимают попытку заключить временное перемирие, однако достигнутое соглашение остается неустойчивым. Оказавшись в эпицентре событий, главный герой понимает, что его судьба связана с местными политическими интригами и военными действиями. Он узнает, что его появление в этом мире имеет важное значение для будущего обоих государств, а его решения могут повлиять на исход затянувшегося конфликта. В ходе событий герой находит союзников, стремящихся изменить ситуацию, а также сталкивается с персонажами, которые пытаются использовать его в своих интересах.